知网查重是指通过知网平台进行文献查重，主要用于学术论文和期刊的查重工作。用户将待查重的文献上传至知网系统，系统会自动对文献进行查重比对，找出文献中与已有文献相似度较高的部分，并给出重复率。而源文件查重则是指通过专业的查重软件对文档原始文件进行查重，主要用于保证文档的原创性和避免抄袭。源文件查重能够对文档中的文字、图片、表格等内容进行全面检测，确保文档的独特性。因此，知网查重和源文件查重的主要区别在于应用场景和检测对象的不同。

此外，知网查重还具有一定的局限性，主要体现在对中文文献的查重效果不如对英文文献的效果好。而源文件查重则相对更加全面，能够对多种语言的文档进行查重比对，检测效果更加准确。另外，知网查重通常需要用户购买知网的查重服务或者拥有知网的账号，而源文件查重则可以通过多种查重软件进行，用户可以根据自身需求选择合适的查重工具进行使用。因此，用户在选择查重方式时需要根据具体需求和文档特点来进行选择，以达到更好的查重效果。